SVA är en av samarbetspartnerna i EIP-projektet Bacticam. Målsättningen med projektet är att utveckla en artificiell intelligens som identifierar de vanligaste förekommande bakterierna på gård med hjälp av bildbehandling. Ett av SVA:s viktiga uppdrag är att hindra resistensutvecklingen så att vi kan fortsätta använda antibiotika i framtiden.
För att lära upp vår artificiella intelligensen (AI) så krävs en erfaren lärare och det är här Charlotta Fasth på SVA kommer in i bilden.
På bilden ovan ser du Charlotta med hennes favoritmaskin Maldi-tof. Den kan snabbt och säkert tala om vilken bakterie det är på odlingsplattan .
Charlotta har över 20 års erfarenhet inom bakteriologi och läser av flera tusen odlingsplattor per år, vilket gör henne till Sveriges kanske främsta mastitbakteriolog. Med hjälp av hennes expertis och erfarenhet av att läsa av odlingsplattor skapas bra förutsättningar för Bacticam att kunna göra stor nytta ute på gård. Vi på Agricam är med andra ord väldigt stolta över att ha en så talangfull person som Charlotta med ombord.
Charlotta började som bakteriolog på SVA redan för 22 år sedan och har jobbat med just mastitbakterier sedan 2008. Innan dess har hon också hunnit med att arbeta med programmering och utveckling av SVA:s labbdatasystem.
- Bakterier har alltid varit väldigt intressant och SVA drömarbetsplatsen. Jag tycker det är kul att bli riktigt bra på ett område och bli expert. Kan inte tänka mig en bättre arbetsplats!
Vad är det som är så intressant med bakterier?
- Bakterier är viktiga för så väldigt mycket och finns överallt. Vi består av bakterier själva. När vi odlat upp dem kan vi se dem med blotta ögat, till skillnad från virus. Vi kan förebygga mycket sjukdomar genom vår kunskap om bakterier. Det finns både bra och dåliga bakterier, men de dåliga går att förhindra ganska effektivt. Virus går ofta bara på ett djurslag medan bakterier lättare kan spridas från djur till människor och orsaka sjukdomar. Vi skulle aldrig klara oss utan bakterier och det finns så mycket att lära!
- Det viktigaste är att hindra resistensutvecklingen så att vi kan fortsätta använda antibiotika i framtiden. Det är en del av mitt jobb.
Ett sätt som SVA försöker nå ut med kunskap är genom deras blogg.
Klicka här för att komma till bloggen
"Det är jätteintressant med Bacticam som kan ge en jämn kvalitet på ett helt annat sätt."
För att träna AI:t till Bacticam så behövs ett stort antal bilder på olika bakterieodlingar och det är här SVA har en viktig roll. SVA fotograferar odlingsplattor som AI:t kan träna på och Charlottas uppgift är bland annat att kontrollera att bilder och resultat stämmer väl överens. Det är även hon som bedömer bilderna på odlingsplattorna och skickar ut provsvar under tiden som AI:t inte är på plats.
- Bacticam lät som ett jättespännande projekt och just vid kliniska mastiter så är det jättebra att kunna få en säker diagnos. Genom ringtesterna som SVA erbjuder har vi sett att det är varierande kvalitet i hur bra veterinärerna är på att läsa odlingar. En del är jätteduktiga och andra gör det mer sällan och blir inte lika duktiga på det. Det är jätteintressant med Bacticam som kan ge en jämn kvalitet på ett helt annat sätt.
Inkorrekta provsvar kan till exempel leda till felaktig utslaktning av kor eller att du missar en viktig diagnos och hon sprider vidare smittan inom besättningen.
Det är en viss svårighet i att läsa av bilden istället för själva odlingsplattan eftersom bakteriekolonierna på bilden inte går att lukta på eller se från olika vinklar. För den oerfarna är det dock svårt att läsa av bakterier från en verklig odlingsplatta också, menar Charlotta. Det kan lätt bli fel eftersom samma bakterie kan se så olika ut.
- Inkorrekta provsvar kan till exempel leda till felaktig utslaktning av kor eller att du har kvar kon och missar en viktig diagnos och den sprider vidare smittan inom besättningen. Det kan få ganska allvarliga ekonomiska konsekvenser om man har otur.
- Fördelen är att jag får facit hela tiden. Jag tittar på plattan och sen gör vi tester och ser exakt vilken bakterie det är. Jag får feedback hela tiden, vilket man inte får ute i fält för då har du ju inte facit varje dag.
Vi på Agricam är otroligt glada och stolta över samarbetet!
AI:t har under våren tränats på över 3 000 odlingsresultat och fler ska det bli. Idag körs Bacticam på tio gårdar runtom i Sverige. AI:t har visat lovande resultat och insamlingen pågår kontinuerligt samtidigt som fokus ligger på att skapa tydliga åtgärdsrutiner för att aktivt kunna agera på provresultaten.
Vill du testa Bacticam? Anmäl ditt intresse här!